インボイスの経過措置が変わります——「3割特例」新設と「8割控除→70％」、令和8年10月からの実務ポイント

※本記事は令和8年度税制改正の公表情報に基づく執筆時点（令和8年8月）の解説です。

令和8年度の消費税改正——中小事業者に効くのは「経過措置の見直し」

令和8年度税制改正では、消費税について国境を越えたECへの課税、暗号資産の取扱い変更など幅広い見直しが行われました。その中で、中小企業・個人事業者の実務に最も直結するのがインボイス制度（適格請求書等保存方式）の経過措置の見直しです。

ポイントは2つ。売手側では「2割特例」の後継となる「3割特例」の新設、買手側では免税事業者等からの仕入れに係る「8割控除」の割合・期間の変更です。いずれも令和8年10月1日施行——目前に迫っています。

【売手側】「2割特例」の次は「3割特例」——個人事業者の令和9年分・10年分

インボイス対応のために課税事業者になった小規模事業者には、納付税額を「売上に係る消費税額の2割」とできる2割特例がありましたが、この適用期間は終わりを迎えます。

今回の改正で、その後継として設けられたのが3割特例です。

• 対象：個人事業者である適格請求書発行事業者のうち、インボイス登録がなければ免税事業者だったはずの人
• 対象期間：令和9年分・令和10年分の課税期間
• 内容：課税標準額に対する消費税額の7割を仕入控除税額とみなす。つまり納付額は売上税額の3割

「2割」から「3割」へ負担は一段上がりますが、事前届出不要・実額計算不要という簡便さは引き継がれる形です。フリーランス・小規模個人事業の方は、令和9年分から納付負担が売上税額の2割→3割に増えることを、今のうちに資金繰り計画へ織り込んでおいてください。

◎ 法人は対象外——2割特例で「卒業」です 見落とされがちですが、3割特例の対象は個人事業者に限られます。背景には、新たに法人を設立して2割特例を適用させ、グループ全体の納税額を圧縮するといった不適切な利用が見られたことや、法人には個人より高い事務処理能力が期待できるという考え方があります。インボイス対応で課税事業者になった小規模法人は、2割特例の最終適用期間をもって特例卒業となり、次の課税期間からは本則課税か簡易課税の二択です。簡易課税を選ぶなら届出の検討は待ったなし——法人顧問先にとって、今年最重要の消費税論点の一つです。

◎ 特例終了後の「簡易課税」駆け込み届出もOK 3割特例を適用した課税期間の翌課税期間の申告期限までに簡易課税制度選択届出書を提出すれば、その課税期間から簡易課税を適用できる特例も措置されました。通常の「課税期間開始前まで」という届出期限の例外です。今回の改正では、2割特例を適用していた事業者（上記の法人を含みます）にも同様の駆け込み届出が法定されました（令和8年10月1日以後に終了する課税期間に係る届出書から適用）。特例卒業後に本則へ落ちて納税が跳ね上がる事故を防げるので、出口戦略として必ず覚えておきたいルールです。

【買手側】免税事業者からの仕入れ——「50％に半減」が「70％」に緩和、ただし期間延長

インボイスのない仕入れ（免税事業者等からの課税仕入れ）については、当初の予定では令和8年10月から控除割合が80％→50％に半減するはずでした。今回の改正で、このスケジュールが次のとおり緩和・延長されました。

「一気に半減」は回避され、段階的な引下げに変わりました。免税事業者の取引先（一人親方、個人の外注先など）を多く抱える事業者にはありがたい見直しです。

実務上の注意点は2つです。

1. 会計ソフトの経過措置区分の設定変更が必要になります。令和8年10月1日をまたぐ期の記帳では、9月までの取引は80％、10月以後は70％と、期中で控除割合が切り替わります
2. この経過措置を適用できる一の取引先からの課税仕入れの上限が10億円→1億円に引下げられました（令和8年10月1日以後開始課税期間から）。特定の免税事業者への支払いが年1億円を超えるような場合は対象外となります

その他の主な改正（概要）

• 海外からの1万円以下の通販に消費税課税（令和10年4月〜）：海外から国内宛てに発送される1万円以下の物品販売（特定少額資産の譲渡）が国内取引として課税対象になり、販売事業者の登録制度やプラットフォーム事業者への課税（第二種プラットフォーム事業者）が創設されます。注意すべきは、この売上が課税事業者かどうかの判定（基準期間の課税売上高1,000万円）にも算入される点です（指定プラットフォーム経由で課税がプラットフォーム側に転換される分は除きます）。海外発送型の物販を行っている方は、令和10年4月以降、免税事業者でいられなくなる可能性を含めた事前確認が必要です。販売事業者の登録申請は令和9年10月から始まります
• 暗号資産の非課税の位置付け変更：金商法改正に伴い、暗号資産の譲渡が「支払手段に類するもの」から「有価証券に類するもの」の非課税へ変更され、課税売上割合の計算では譲渡対価の5％を分母に算入することになります。暗号資産取引の多い事業者は課税売上割合への影響を確認してください
• 非居住者向けの国内不動産関連役務は輸出免税の対象外に（令和8年10月〜）：海外オーナー所有の国内不動産の管理業務等は、相手が非居住者でも免税になりません。不動産管理会社は要チェックです
• 輸出免税の証明書類の追加（令和8年10月〜）：対価を現金等で受領する輸出取引について、仕向国の輸入許可書に相当する書類の保存が免税の要件に加わります

まとめ

• 令和8年10月1日が実務の節目。買手側は免税事業者からの仕入れの控除割合が80％→70％へ（会計ソフト設定の変更を忘れずに)
• 個人の小規模事業者は、2割特例の後継として令和9年分・10年分は「3割特例」。納付負担増を資金繰りに織り込みを
• 特例卒業後は簡易課税の駆け込み届出特例あり。本則・簡易・特例のどれが有利かは事前試算が必須です

当事務所では、2割特例・3割特例・簡易課税・本則課税の有利判定シミュレーションを行っています。ご自身がどの区分に当たるか分からない方も、お気軽にご相談ください。

本記事の内容は一般的な解説であり、個別の税務判断を保証するものではありません。